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  • 重庆时时彩去重庆买吗:医学LncRNA测序

    研究高热度-LncRNA

    注册申请可以送28彩金 www.approo.net LncRNA参与表观遗传调控、转录调控以及转录后调控,在生命活动中具有重要作用。

    通过测序分析快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等) 相关lncRNA和mRNA 信息。

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    • 实验设计

    • RNA提取

    • 建库测序

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    公司成立八年以来,拥有丰富的医学项目分析经验,累计完成5千多个样品的医学转录调控研究

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    lncRNA鉴定

    百迈客通过4种分析软件鉴定得到的noncding transcripts进行统计,绘制维恩图。同时对以上4种分析结果取交集,用于后续lncRNA分析。

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    lncRNA靶基因功能富集

    利用topGO软件对注释到GO数据库的差异表达lncRNA靶基因进行富集分析,并对显著富集的节点在GO体系中的层级关系以有向无环图的形式进行直观展示。在有向无环图中,箭头代表包含关系,即该节点的所有基因同样注释到其上级节点中。

    lncRNA与mRNA差异表达

    lncRNA与mRNA在不同比对分析组合中的表达情况间接的表现了lncRNA和mRNA在某一生物时间段的表达关系,对差异表达lncRNA和mRNA表达量进行比较分析。

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    LncRNA-mRNA共表达网络分析

    加权基因共表达网络分析(WGCNA)是一种挖掘和呈现基因在不同样本中表达形式的有效方法。在基因共表达网络中,每一节点代表一个基因,在不同样本中存在共性的基因会处于同一个基因网络中,而基因间的共表达关系一般由它们之间的表达相关系数来衡量。

    lncRNA测序与转录组测序的区别?

    转录组测序是只针对mRNA进行测序。由于lncRNA测序在建库之前会去除rRNA,因此剩下的RNA中除了lncRNA信息,也包含有mRNA信息,因此,通过lncRNA测序,可以通过一次建库获得转录组和lncRNA的信息。

    lncRNA测序建议的数据量多少?

    针对百迈客的项目经验及文献报道,对于lncRNA的基本研究,可以选择数据量12Gb clean data,对于更高的分析内容要求,比如,挖掘更多低表达lncRNA,可以相应提高数据量。

    lncRNA的表达水平是怎么计算的?

    抽取自一个转录本的片段数目与测序数据(或Mapped Data)量、转录本长度、转录本表达水平都有关,为了让片段数目能真实地反映转录本表达水平,需要对样品中的Mapped Reads的数目和转录本长度进行归一化。Cuffdiff采用FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)作为衡量转录本或基因表达水平的指标。

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