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  • 【circos教程】之染色体设置

    先前已经大致介绍了circos软件的安装、配置文件、如何画图等。下面小编将详细介绍一下染色体的设置问题。

    Circos图可以展示数据在染色体上的分布情况,首先我们需要一个染色体的信息文件,画出染色体的圈,该信息由circos.conf的karyotype参数进行设置,如下图:

    该文件以\t分隔,共有七列信息,下面是该文件的具体信息 :

    小编给大家温习一下该文件各列的具体含义:第一二列一般都设置成chr和-;第三列染色体的编号,要求每条染色体的名字必须唯一;第四列染色体标签,即在图中展示的名字;第五列和第六列分别是染色体的起始和终止位置;第六列是每条染色体的颜色,软件安装目录里的colors.ucsc.conf已经使用RGB代码定义了这些标签的颜色。当然,大家可以根据自己的需要在colors.brewer.conf文件中设置染色体的颜色(上图hs19~hsY的颜色就是小编根据自己的需要设置的染色体颜色),circos教程具体设置方法如下:

    染色体刻度单位

    参数chromosome_units定义一个染色体刻度(u)的大小,参数chromosomes_units=1000000的意思是1u=1000000,那10u就是10*1000000。

    展示部分染色体

    Circos软件默认画出所有染色体的信息,如果我们想只展示其中的某些染色体,可以在circos.conf的添加下图中的两个参数:

    chromosomes_display_default = no,意思就是关闭默认显示。只需用“chromosomes =”指定需要显示的染色体。hs1,hs2,hs3等都是染色体组型文件当中的第三列信息?;龅耐既缦拢?/p>

    circos教程之更改染色体排列位置

    如果想自定义染色体排列顺序,可以使用chromosomes_order参数来设定,假设在上图的基础上,想将hs11,hs12,hs13染色画在前面,可以设置chromosomes_order=hs11;hs12;hs13;hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8;hs9;hs10;hs14;hs15;hs16;hs17;画出的图如下:

    circos教程之更改染色体间的间隔

    上面我们出的图染色体之间间隔较近,我们可以使用<spacing>…</spacing>设置染色体间隔,使染色体之间的间隔变大。

    将原参数default=0.003r改为0.003r,生成的图如下:

    如果我们只想设置某两条染色体之间的间隔大,可以通过<pairwise>…….</pairwise>参数设置,染色体之间以分号分隔,spacing参数设置两条染色体之间的间隔。

    染色体条带填充

    如果不想填充条带,只想以染色体对应的颜色填充染色体的,可以通过设置show_bands= no参数实现。

    如果既想填充颜色,又想填充条带参数设置如下:

     

     

     

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