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  • 百迈客Nanopore创造世界记录!

    百迈客CEO郑洪坤先生等与Oxford Nanopore 商业运营副总裁Richard等合影

    2019年1月23日,Oxford Nanopore Technology公司(以下简称ONT)技术团队再次来访北京百迈客生物科技有限公司,并就ONT平台发展,公司战略等进行深入的合作交流。此次来访,ONT技术人员宣布:当前用户中,PromethION单Cell最高产出记录由百迈客产生(162 Gb/Cell),此记录成为了当前ONT用户中单Cell产出的世界之最!

    Nanopore平台是新兴的实时单分子纳米孔测序技术平台:借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测,纳米孔的直径仅允许单个核苷酸聚合物通过,而ATCG四种碱基的带电性质不同,因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型,从而实现测序。

    慕然回首,距离百迈客开启第一个Nanopore研发项目已经近2年时间,各方面的技术与平台服务已经十分成熟当前已经有3台ONT测序通量最高的PromethION在百迈客投产(了解详情)。

    关于平台是否好用?技术是否成熟?项目经验丰富吗?百迈客实力究竟如何?关心的物种有没有参考指标?想必大家非常感兴趣,有非常多的信息需要了解!为了让广大用户了解百迈客在ONT平台上的实力,小编将不定期开发ONT平台的数据产出情况。

    2019年1月下机数据(部分)

    注:Species:分析的物种信息;SeqNum:各个长度范围内序列的数目;SumBase:指各个长度范围内序列的总长度;N50Len:reads N50长度;N90Len:readsN90长度;MeanLen:平均reads长度;MaxLen:最长reads长度;MeanQual:质量值,准确度=1-10^(-Q/10)。

    最新数据显示,目前reads N50几乎均在25 Kb以上,平均Reads N50达到了35 Kb?以上!最长reads N50高达52.8 Kb,最长Reads更是高达1.6 Mb,质量值也几乎都维持在8以上(碱基准确率~85 %)。PS: 这里的碱基准确率是指未经过纠错与polish的数据。当组装后经过纠错与polish之后,碱基的准确度均在99.99%以上。之前小编已经给大家科普过!

    如果大家了解三代主流的组装方法的话,相信大家一定知道,数据越长,对组装的帮助越大。小编截获的最新数据相应的组装情报如下

    2019年1月组装数据(部分)

    注:Species:分析的物种信息;CtgNum:contig数目;CtgLen:contig总长度;CtgN50:contigN50长度;CtgN90:contigN90长度;CtgMax:最长contig长度。

    ContigN50是衡量基因组组装好坏的一个重要指标,一定程度上来说,contigN50值越高表示组装的质量越好。最新组装数据表中,ONT的组装数据中contigN50水平均在1 Mb以上(测序深度的高低会有一定的影响,为了更好组装指标,一般建议进行100X以上),杂合度高的物种组装结果同样会略逊色于其它简单物种。相较之前最强水产组装结果(N50>22 Mb),ONT作物组装N50最高值再创新高,达到了27 Mb?。?span style="color: #3366ff;">数据评估结果点击查看)不管大家怎么看,反正小编被如此高的指标深深的震撼了,希望技术团队再接再厉,创造新的记录!

    好啦,今天的介绍到此为止,欲知后事如何,且听小编下回分晓!

     

    如果您对nanopore最新测序服务感兴趣,欢迎点击下方按钮体验!

     


     

    北京百迈客生物科技有限公司是中国大陆目前首家且唯一一家全部通过 PromthION/GridION平台及DNA/RNA样本官方认证的公司。

    截至目前为止,百迈客ONT平台已经建立超过上百种物种类型的文库,拥有大量的项目经验!无论是技术还是项目经验上,我们都实力过硬!如今越来越多可喜的结果已经交付到各位老师的手中~

    2018年,百迈客合作文章影响因子累计超过500+!Nature Genetics、Nature Communications、Molecular Plant、Gigascience…合作项目文章源源不断!

     

     

     

     

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