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  • ONT甲基化测序研究重磅来袭??!

    DNA甲基化是表观遗传的经典修饰方式,其并不改变基因的碱基序列,而是通过改变基因的表达影响细胞的功能,在调控基因表达、维持染色质结构、基因印记、X染色体失活以及胚胎发育等生物学过程中发挥着重大的作用。DNA 甲基化的形式多种多样,主要包括 C5-甲基胞嘧啶(5mC)、N6-甲基腺嘌呤(6mA)等。

    目前市场常用重亚硫酸盐法检测5mC,其精确度高,但化学处理会导致DNA分子的片段化、测序深度高、无法鉴定更多修饰类型。Nanopore技术作为新一代基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术,截至目前,全球范围内基于Nanopore平台进行的甲基化研究文章近10篇,见刊于nature methods、bioRxiv等国际知名期刊。

    ONT甲基化测序流程

    不同于传统的甲基化检测方法,使用ONT平台进行测序前,不需要再对DNA样本进行化学处理,避免了人为因素和化学因素的影响。具体步骤如下:

    1、提取高质量基因组 DNA,利用Nanodrop、Qubit 和35% 琼脂糖凝胶电泳进行纯度、浓度和完整性质检;

    2、将基因组DNA打断成平均8kb左右;

    3、使用SQK-LSK109连接试剂盒(ONT官方试剂)进行文库构建,包括DNA 损伤修复和末端修复、接头连接、磁珠纯化等;

    4、使用Qubit 进行文库定量。

    ? ? ? ? 图1 甲基化建库流程? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 图2 ONT 电信号识别

    待文库构建完成后,就可进行上机测序。 ONT 测序是新一代基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术,由于 DNA 链上不同碱基化学性质存在差异,所以当单个碱基通过纳米孔通道时,会产生不同的电信号,而当存在碱基修饰时,同一位置的电信号也会有所差别?;诖?,软件则将这些电信号进行识别,判读为不同的修饰信息。

    ONT甲基化的优势?

    ?单碱基水平检测,无中间处理,不扩增、不富集,真实还原碱基修饰信息

    ?测序读长长,避免短读长带来的拼接比对错误,鉴定准确

    ?鉴定种类丰富,5mC、6mA多种碱基修饰一次搞定,性价比高

    ?可进行等位基因特异性甲基化检测

    ?ONT 甲基化成功案例

    使用ONT平台进行甲基化研究可谓日渐火热,截至目前,已经有十多篇文章发表,研究学者的热情日益高涨。百迈客将目前见刊的文章给大家进行了汇总,方便查阅

    自从2017年开启第一个ONT平台研发立项,百迈客不断探索与前进,经过一年多时间的沉淀与磨砺,百迈客Nanopore测序技术已经逐步成熟并且达到稳定状态。截至目前,百迈客已拥有3台ONT最高通量测序仪PromethION,并建立超过上百种物种类型的文库,拥有大量的项目经验!无论是技术还是项目经验上,都实力过硬!

    如果您对ONT甲基化研究感兴趣,欢迎点击下方按钮咨询我们,我们将用丰富的项目经验,祝您勇攀科研高峰!

     

     

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